研究思路，可以說(shuō)是一篇文章的靈魂，它牽引著文章故事的脈絡(luò)，讓讀者與作者產(chǎn)生交談。近期推出的一系列研究思路內(nèi)容，以期能夠?yàn)槟鷰?lái)一些獨(dú)具匠心的靈感。如：基因功能研究思路與技術(shù)—植物篇；一文帶你get Hi-C研究套路；ATAC和其他組學(xué)的聯(lián)合分析策略；3+2經(jīng)典匯總|全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組方案設(shè)計(jì)策略等等……,今天我們就來(lái)談一下lncRNA的研究思路機(jī)制及有哪些技術(shù)路線圖，如有疑問(wèn)或想了解更多的同學(xué)，歡迎點(diǎn)擊下方按鈕與我們信息工程師交流。

長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）是一類長(zhǎng)度超過(guò)200 nt的RNA分子，位于細(xì)胞核或胞質(zhì)內(nèi)，lncRNA一直以來(lái)都是科研領(lǐng)域的熱點(diǎn)，吸引著眾多研究者的目光。長(zhǎng)鏈非編碼RNA按照其來(lái)源可分為Antisense lncRNA (反義長(zhǎng)非編碼RNA)，Intronic transcript (內(nèi)含子非編碼RNA)，Long intergenc noncoding RNA(lincRNA)，Promoter-associated lncRNA(啟動(dòng)子相關(guān)lncRNA)，UTR associated lncRNA(非翻譯區(qū)lncRNA)五種類型。lncRNA在轉(zhuǎn)錄前、轉(zhuǎn)錄水平與轉(zhuǎn)錄后水平上均具有重要作用。在整個(gè)基因組轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物中，lncRNA所占的比例遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)編碼RNA所占的比例，與人類和動(dòng)物相比，植物lncRNA研究仍處于起步階段，植物lncRNA的研究可能揭示控制植物生長(zhǎng)和分化的未知新機(jī)制，lncRNA在植物開(kāi)花、雄性不育、營(yíng)養(yǎng)代謝、生物和非生物脅迫等多種生物過(guò)程中起著調(diào)節(jié)因子的作用。隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，越來(lái)越多的lncRNA被鑒定出來(lái)，但具體的作用與功能仍然不是很清楚，因此lncRNA的研究領(lǐng)域依然是一片非常廣闊的神秘區(qū)，具有極大的研究?jī)r(jià)值。

lncrna研究思路機(jī)制主要分為三大步驟：

lncrna研究思路機(jī)制1、lncRNA的篩選

基于鏈特異性建庫(kù)的RNA-seq能夠?qū)Σ煌M織或樣本的lncRNA進(jìn)行測(cè)序，通過(guò)對(duì)轉(zhuǎn)錄本編碼潛能進(jìn)行篩選，判斷其是否具有編碼潛能，從而可以判定該轉(zhuǎn)錄本是否為lncRNA，并識(shí)別不同樣品（或樣品組）之間顯著差異表達(dá)的基因或lncRNA。

lncrna研究思路機(jī)制2、LncRNA的驗(yàn)證

通過(guò)測(cè)序結(jié)果確定相關(guān)lncRNA后，可以通過(guò)NONCODE或者lncRNAdb等網(wǎng)站進(jìn)一步了解lncRNA的相關(guān)信息，比如lncRNA的長(zhǎng)度，染色體所在位置與特異性表達(dá)信息。

lncRNA的全長(zhǎng)序列一般通過(guò)RACE實(shí)驗(yàn)來(lái)獲得，5’RACE獲取5’全長(zhǎng)，3’RACE獲取 3’全長(zhǎng)，最終拿到完整的lncRNA序列。

lncRNA的表達(dá)分析可以通過(guò)定量PCR或者Northern blot驗(yàn)證，在不同組織或樣本中檢測(cè)表達(dá)差異，為篩選研究目標(biāo)lncRNA打下基礎(chǔ)。這里還要提一下lncRNA的分子定位分析，這些非編碼RNA的定位分析對(duì)深入了解他們的功能是至關(guān)重要的，因?yàn)檫@可能決定了lncRNA的調(diào)控機(jī)制。眾所周知，lncRNA可以在轉(zhuǎn)錄水平或轉(zhuǎn)錄后水平來(lái)調(diào)控基因的表達(dá)，當(dāng)lncRNA位于細(xì)胞核內(nèi)時(shí)，是在轉(zhuǎn)錄前或轉(zhuǎn)錄水平上來(lái)影響基因的表達(dá)，因此在這種情況下再提出當(dāng)前研究較火熱的ceRNA機(jī)制就不是那么合理了。對(duì)于lncRNA定位信息，可以通過(guò)查詢RNALocate數(shù)據(jù)庫(kù)或者相關(guān)分子實(shí)驗(yàn)確定。

lncrna研究思路機(jī)制3、LncRNA的功能研究

通過(guò)高通量篩選出lncRNA只是研究的第一步，想要發(fā)高分文章，就必須對(duì)lncRNA的功能進(jìn)行深入的探索。最基本的研究就是構(gòu)建lncRNA超表達(dá)載體或通過(guò)siRNA、反義核酸等方法沉默lncRNA，直觀地展現(xiàn)lncRNA具有的生物學(xué)功能。在明確了lncRNA具有的生物學(xué)功能后，就要從分子機(jī)制上解析其如何發(fā)揮的作用，無(wú)外乎三點(diǎn)：1）lncRNA與RNA相互作用，這里主要指的是lncRNA對(duì)其靶基因的調(diào)控；2）lncRNA與蛋白相互作用，RIP是研究RNA蛋白相互作用的重要手段，利用RIP可以研究在體內(nèi)蛋白是否與lncRNA發(fā)生相互作用；3）lncRNA結(jié)合DNA序列，這是位于核內(nèi)的lncRNA發(fā)揮調(diào)控作用的一種機(jī)制。

lncRNA在最初研究階段，普遍不認(rèn)為其具備編碼能力，但最近幾年相繼有文章報(bào)道相關(guān)lncRNA能通過(guò)編碼小肽來(lái)發(fā)揮作用，一時(shí)間lncRNA編碼話題再次成為熱點(diǎn)。對(duì)于判斷l(xiāng)ncRNA是否具備編碼潛能，首先要看該lncRNA是否具有核糖體結(jié)合位點(diǎn)與開(kāi)放閱讀框，滿足這兩個(gè)先天條件后，還要通過(guò)多肽鑒定的分子實(shí)驗(yàn)來(lái)進(jìn)行驗(yàn)證。

lncRNA依然是科研領(lǐng)域熱點(diǎn)之一，現(xiàn)在來(lái)說(shuō)，簡(jiǎn)單篩選某一物種的lncRNA很難發(fā)表高分文章，下游功能驗(yàn)證研究越來(lái)越被重視，對(duì)文章影響因子有期待的老師，做好下游實(shí)驗(yàn)一定會(huì)給文章增光添彩。

如果你想與我們的信息工程師交流文章思路，請(qǐng)點(diǎn)擊下方的按鈕聯(lián)系我們，我們將免費(fèi)為您設(shè)計(jì)思路方案。