作者之前已經(jīng)證明香蕉OFP促進(jìn)果實(shí)成熟。香蕉中OFP1(MaOFP1)與MADS-box蛋白MuMADS1相互作用對(duì)于香蕉采后乙烯促進(jìn)成熟產(chǎn)生拮抗作用。然后,香蕉果實(shí)的成熟過程也成為果實(shí)質(zhì)量的一個(gè)部分。MuMADS1和MaOFP1果實(shí)品質(zhì)形成方面,是否有的新的作用,目前尚不清楚。
本篇文章以野生型、突變體番茄、三種不同轉(zhuǎn)基因系M(過表達(dá)MuMADS1)、O(過表達(dá)MaOFP1)、MO(同時(shí)過表達(dá)MuMADS1和MaOFP1)為實(shí)驗(yàn)材料,運(yùn)用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),解析了MuMADS1和MaOFP1對(duì)果實(shí)品質(zhì)形成方面的分子機(jī)制。
研究結(jié)果
(1)差異表達(dá)基因(DEGs)數(shù)目分析
下圖表明了MuMADS1 和 MaOFP1能調(diào)節(jié)突變體中差異基因數(shù)目
(a) WT vs. ovate; (b) WT vs. MuMADS1 transformants; (c) WT vs. MaOFP1 transformants; (d) WT vs.
MuMADS1 + MaOFP1 transformants; (e) ovate vs. MuMADS1 transformants; (f) ovate vs. MaOFP1 transformants; (g) ovate vs. MuMADS1 + MaOFP1
transformants.
(2)差異基因的功能注釋和富集分析
COG分類表明淀粉、蔗糖和碳代謝構(gòu)成了外源基因整合最主要的代謝途徑,這些基因可能是果實(shí)品質(zhì)形成期活躍的基因。
Histogram of COG classifification.
(a) WT vs. ovate; (b) WT vs. MuMADS1 transformants; (c) WT vs. MaOFP1 transformants; (d) WT vs.
MuMADS1 + MaOFP1 transformants; (e) ovate vs. MuMADS1 transformants; (f) ovate vs. MaOFP1 transformants; (g) ovate vs. MuMADS1 + MaOFP1
transformants.
本文通過轉(zhuǎn)錄組差異基因數(shù)據(jù)分析及通路注釋,解析了MuMADS1和 MaOFP1共同調(diào)控果實(shí)品質(zhì)的性狀的分子機(jī)制。類似的分析內(nèi)容在轉(zhuǎn)錄組相關(guān)文獻(xiàn)中已成為標(biāo)準(zhǔn)必備。百邁客云平臺(tái)(BMKCloud)基于此,已開發(fā)了一系列測序數(shù)據(jù)分析平臺(tái),涵蓋多個(gè)研究方向。
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1、導(dǎo)入數(shù)據(jù)
2、點(diǎn)擊提交
3、圖形優(yōu)化
百邁客云除可實(shí)現(xiàn)以上文章中圖表之外,還可以免費(fèi)利用在線工具制作百余種RNA-Seq測序分析結(jié)果繪制圖(部分案例):
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百邁客云平臺(tái)
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由北京百邁客生物科技有限公司研發(fā),面向?qū)τ谖锓N生物信息分析、文獻(xiàn)精準(zhǔn)查找、及科研文章繪圖有大量需求的廣大科研工作者。其主要特點(diǎn)是運(yùn)用方便快捷,操作簡單,實(shí)現(xiàn)隨時(shí)隨地便捷服務(wù),加快文章產(chǎn)出的速度。
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二、成功案例:
據(jù)不完全統(tǒng)計(jì),從2016年至今,目前成功案例已有150余篇,累計(jì)影響因子500以上,主要涵蓋動(dòng)植物基因組領(lǐng)域、微生物領(lǐng)域、以及部分醫(yī)學(xué)臨床應(yīng)用領(lǐng)域。解決了客戶大數(shù)據(jù)分析的問題,縮短了發(fā)表文章的時(shí)間。以下是部分統(tǒng)計(jì)結(jié)果: