三代測序具有長度長的特點，平均讀長在10-15Kb，而二代測序的讀長為PE125-250bp，所以二代測序在遇到重復(fù)序列，雜合難題時，就很無力。而三代測序能有效的解決這些問題。所以三代基因組具有超高的組裝指標(biāo)，組裝錯誤率更低，組裝的完整性更好等優(yōu)點。