Beta 多樣性分析主要采用 binary jaccard、 bray curtis、 unweighted Unifrac(限細菌)、weighted Unifrac (限細菌)等4種算法計算樣品間的距離，那么這四種算法都有什么差別呢？

非加權(quán)的計算方法，主要考慮的是物種的有無，即如果兩個群體的物種類型都一致，表示兩個群體的樣本距離最??；加權(quán)方法，則同時考慮物種有無和物種豐度兩個問題。比如如樣品A由3個物種a和2個物種b組成，樣品B由2個物種a和3個物種b組成，則通過非加權(quán)方法計算，因為樣品A與樣品B的物種組成完全一致，都只由物種a和b組成，因此它們之間的樣本距離為0。但通過加權(quán)方法計算，雖然樣品A與樣品B的物種組成一致，但物種a和b的數(shù)目卻不同，因此兩個群體的β多樣性則并非一致。

基于獨立OUT的方法認為OTU之間不存在進化上的聯(lián)系，每個OTU間的關(guān)系平等；基于系統(tǒng)發(fā)生樹計算的方法，會根據(jù)16s的序列信息對OTU進行進化樹分類， 因此不同OTU之間的距離實際上有“遠近”之分。