宏基因組將基因組DNA隨機打斷成若干條小片段，然后在片段兩端加通用引物進行PCR擴增測序，將得到的reads進行組裝后進行基因預測得到基因序列，眾多基因構成環(huán)境中微生物的基因集

微生物多樣性主要針對核糖體小亞基基因序列進行測序（16s rDNA或者18s rDNA），該基因既存在高度保守的區(qū)域還包括高變區(qū)，通過特異性引物對某一段高變區(qū)（如V3區(qū)）或某幾段高變區(qū)（如V3-V4區(qū)）進行擴增測序，然后與數據庫比對，可特異性識別細菌種類?？偟膩碚f，微生物多樣性主要告訴我們環(huán)境里有什么微生物，而宏基因組主要告訴我們環(huán)境里的微生物能做什么。